El 26 de abril de 2016 quedará en la historia de Deportes Concepción como una de las jornadas más tristes. La Asociación Nacional de Fútbol Profesional (ANFP) decidió desafiliar al club "Lila", debido a la crisis financiera por la que atravesaba.

Luego pasaron 688 días, de la desafiliación, para que el "León de Collao" fuera aceptado en la ANFA, donde partió en Tercera División B.

Ya el 2 de diciembre de 2018 derrotó por 3-1 a Ferroviarios en el Estadio Ester Roa Rebolledo, ante cerca de 20 mil espectadores y ascendió a Tercera División A.

Un camino largo de derrotas y triunfos, que se coronó ayer domingo, 14 de diciembre del 2019, donde enfrentaba a Limache por el segundo cupo para ascender al fútbol profesional. Ante 27.800 espectadores, el cuadro de Esteban González consiguió el sufrido, pero esperado ascenso.

1.328 días después de su desafiliación, el León de Collao deja atrás el fútbol amateur para regresar al profesionalismo.